Cơ quan tiến hành tố tụng sẽ ra quyết định khởi tố vụ án hình sự khi xác định có dấu hiệu phạm tội. Tuy nhiên đối với các tội vừa xâm phạm trật tự xã hội, vừa xâm phạm đến thể chất, sức khoẻ, danh dự của người bị hại như tội cố ý gây thương tích hoặc gây tổn hại ..
Cơ quan tiến hành tố tụng có quyền khởi tố bị vụ án hình sự khi xác định có dấu hiệu tội phạm trừ trường hợp khởi tố theo yêu cầu của người bị hại.
Cơ quan điều tra trong tố tụng hình sự được quy định tại Điều 110 BLTTHS và được cụ thể hoá ở Pháp lệnh Tổ chức điều tra hình sự.
Thủ trưởng Cơ quan điều tra là một chức danh tố tụng. Thủ trưởng Cơ quan điều tra có hai nhóm nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm.
Việc phân chia thẩm quyền điều tra giữa các hệ, trong cùng một hệ (cấp trên, cấp dưới) còn thiếu hợp lý, đang làm nảy sinh tình trạng chồng lấn thẩm quyền hoặc đùn đẩy nhau, tranh công, đổ lỗi.
Việc phân chia thẩm quyền điều tra giữa các hệ, trong cùng một hệ (cấp trên, cấp dưới) còn thiếu hợp lý, đang làm nảy sinh tình trạng chồng lấn thẩm quyền hoặc đùn đẩy nhau, tranh công, đổ lỗi.
Thủ trưởng Cơ quan điều tra là người đứng đầu Cơ quan điều tra, chịu trách nhiệm về hoạt động điều tra của Cơ quan điều tra.
Một khi đã có đạo luật riêng về điều tra tội phạm thì phương án tối ưu là tập trung tất cả những quy định về điều tra tố tụng vào đó, theo đúng mô hình đạo luật về thi hành án hình sự.
Cơ quan điều tra trong Công an nhân dân điều tra tất cả các loại tội phạm, trừ những tội thuộc thẩm quyền của Cơ quan điều tra Quân đội nhân dân và Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân.
Thẩm quyền và thời hạn giải quyết khiếu nại đối với cơ quan điều tra được quy định điều 475 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 (có hiệu lực từ ngày 01/01/2018).
Các quyết định, yêu cầu của Cơ quan điều tra và Viện kiểm sát đưa ra trong quá trình điều tra rất đa dạng và liên quan đến nhiều loại chủ thể khác nhau.
Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra có trách nhiệm gì trong việc thực hiện yêu cầu, quyết định của Viện kiểm sát trong giai đoạn điều tra.